合肥的水质整体不错，但夏天容易有藻类，冬天可能变浑浊，城乡差距也存在。检测数据显示，前年合肥全市水质合格率98.6%，但夏季达标率下降到95%，农村地区合格率比城区低3个百分点。

合肥的水质之所以这样，是因为夏季高温促进藻类繁殖，导致部分水库出现蓝藻爆发，比如巢湖在6-8月藻类浓度最高时，曾出现透明度不足0.5米的情况。冬季气温低，污水处理厂运行成本增加，部分老旧管网渗漏严重，导致雨水倒灌污染。城乡差距主要来自农业面源污染，前年合肥农村地区检测到总磷超标的有12个点位，集中在长丰、肥西等农业大县。去年投入30亿治理水环境，新建了78座污水处理厂，但管网改造进度还落后计划15%，所以城乡水质差异短期内难消除。比如瑶海区新站高新区因为工业集中，去年仍有3次因企业偷排导致水质波动，而政务区、蜀山区因为人口密集，生活污水直排问题更突出。