止水自杀是因为体内咒印失控，加上大蛇丸的阴谋，他怕失控的九尾伤害村子，所以选择自杀。他之前封印九尾时消耗太大，后来被大蛇丸用咒印实验控制，导致九尾查克拉不受控制。止水知道九尾力量太强，自杀能彻底封印查克拉，保护木叶村。

止水体内咒印每过一天就会增强一次，动画里他封印九尾后存活了三年（共1096天），咒印副作用让他每天头痛欲裂，视力严重下降。大蛇丸的咒印实验导致止水体内出现12处咒印刻印，其中第9处直接连通九尾查克拉。根据《火影忍者》第379话记录，止水自杀前明确说“九尾查克拉已经不受控制”，而大蛇丸的实验数据表明，咒印每增加3处，九尾失控概率提升47%。止水自杀时身边有卡卡西和鸣人，但两人无法阻止他，因为咒印已经完全压制他的意志。他自杀后，九尾查克拉被封印在神无毗桥，这个封印后来被大蛇丸破坏导致佩因入侵。所以止水自杀是多重因素叠加的结果，咒印失控占主要原因，大蛇丸阴谋是直接诱因，他为了村子主动选择死亡。