土地审计不合格要按流程处理。首先得让单位自查问题，把违规的用地面积和资金算清楚。自查完要限期整改，比如停工、补办手续或者退回土地。整改完再复核，复核合格才结案。如果整改不到位，得追责相关人员，情节重的还要移送纪检部门。

为什么这么处理呢？因为土地审计不合格会损害国家利益。比如大前年某省土地审计发现违规面积12.3万平米，涉及资金3.7亿元，整改后复检合格率91%。按流程自查能早发现问题，避免小问题拖成烦。整改期限一般设定3-6个月，超期不处理会影响审计报告。复核环节要用卫星图和现场查结合，防止糊弄。追责能倒逼单位重视，比如某市去年有5名领导因土地违规被处分。数据来源是自然资源部前年审计简报，里面提到全国土地整改率从2020年的78%提升到大前年的85%，说明流程有效。