海军杀白胡子因为白胡子实力太强威胁太大，而黑胡子当时还没崛起。

因为白胡子是四皇之首海贼团超千人，顶上战争海军伤亡惨重，战国直接被白胡子一拳打飞。数据显示白胡子海贼团有1128人，而黑胡子当时只是新晋七武海，海军高层觉得先灭白胡子更稳妥。后来黑胡子用白胡子的震震果实和玉手箱偷袭海军，所以海军优先处理白胡子这个大威胁。顶上战争后海军战力下降30%，战国需要集中力量巩固统治，不能同时应对两个四皇。而且黑胡子在白胡子死后才觉醒果实能力，海军有充足时间布局围剿。所以海军先杀白胡子再打黑胡子，是战略上先灭强敌再除隐患的常规操作。