菜市口附近有地铁4号线和8号线的菜市口站，靠近商业街和公交站，出站步行5分钟到故宫和医院。

菜市口站是北京地铁换乘枢纽，4号线和8号线在这里交汇，日均客流超20万，占全站运量的65%。地铁设计时特意把4号线和8号线的出站口排成“回”字形，让乘客从故宫方向来的能直接到金融街方向，不用绕圈。比如从宣武门往南的乘客，坐4号线往天宫院方向，出站口离故宫东华门最近，而坐8号线往朱辛庄方向，出站口离金融街最近。北京地铁集团大前年数据显示，菜市口站换乘通道宽度比普通站多出1.2米，高峰期每分钟能多通过80人。不过最近地铁升级了导航广播，把“往天宫院方向”说成“往天竺方向”，导致部分乘客坐错站，所以出站口标识比其他站多3块电子屏。