小产权房主要问题是产权不合法，无法办理正规产权证，所以不交土地税和房产税。但交易时可能被要求交3%契税，补缴土地出让金和增值税，具体看地方政策。比如深圳前年查处的案例，有1200户补缴了5.8亿元税款，北京也有个别案例补缴了2.3亿元。这些钱都算到买方头上，卖方一般不承担。

为什么小产权房不交常规税呢？因为国家规定只有拥有合法产权证的房子才需要交税，而小产权房通常是集体土地上的建筑，开发商没交土地出让金，所以没合法产权。根据住建部大前年数据，全国小产权房存量约680万套，深圳就有200万套，北京150万套。这些房子没交土地税，每年损失超千亿元。但最近三年，深圳、广州、成都等地开始严查，前年全国小产权房补税总额突破80亿元。不过补税标准各地不同，比如深圳按评估价3%交契税，再补土地出让金和增值税，总价可能比原价高30%以上。买小产权房就像走钢丝，既要考虑补税成本，又要担心房子被强拆，毕竟现在全国已有23个省份出台政策限制小产权房交易。