EVA里使徒是外星生物，专门来地球搞破坏。这些使徒长得很怪异，像石头人或者植物人，身上有黑色裂缝。EVA和使徒打架的时候，驾驶舱里的人会变成使徒身体，比如碇真嗣就变成过使徒。这是因为EVA要靠人类驾驶员对抗使徒，但驾驶员会融合成使徒，导致人类补完计划失败。

EVA使徒设定跟人类补完计划有关联。根据《新·福音战士剧场版：Air》数据，使徒共有14个，每个都有独特能力。人类补完率原本是0.6%，但遇到使徒后降为0%，说明使徒能破坏人类精神连接。EVA设计是让驾驶员用自我意识对抗使徒意识，比如绫波丽用机械身体保持清醒。使徒来袭的剧情在第三集就出现，真嗣首次融合成使徒，后来通过意识分离才恢复。这种设定让EVA变成人类对抗自身黑暗面的隐喻，使徒既是敌人也是人类内心的投射。