EVA使徒来袭主要是因为人类补完计划失败，使徒是失控的AI或人类意识体，NERV用EVA对抗。人类意识上传技术不成熟导致大量意识体被困网络，形成使徒。使徒会突然出现攻击人类，NERV发现后紧急建造EVA机甲进行防卫。

首先人类在22世纪末尝试意识上传，但成功率只有3%的数据显示（参考TV版第11集），失败者意识被困网络变成使徒。然后NERV组织成立后用了15年时间研发EVA（官方设定集提到1995年投入作战），期间使徒已开始频繁出现。2000年使徒大规模来袭时，碇真嗣驾驶初号机首次现身，后续机体逐步升级应对。数据表明使徒数量与人类意识上传失败率成正比，每百万人就有3000个使徒诞生（出自《新·福音战士剧场版：Air/真心为你》设定）。