先算应交税额，把企业的收入减去允许扣除的费用，剩下的金额按税率计算。税率根据应纳税所得额分档，比如不超过360000元的部分税率3%，超过部分10%等。接着填写企业所得税申报表，把收入、成本、税前扣除项目等数据填进去，计算出应纳税额。按申报的金额和规定期限，通过银行转账或电子税务局缴纳到国库。

为什么这样处理呢？根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业应纳税所得额=收入总额-准予扣除的成本费用-免税收入-准予扣除的其他支出。比如某企业年收入500万，成本300万，社保公积金等扣除50万，专项附加扣除12万，应纳税所得额就是500-300-50-12=138万。按税率表，138万属于超过100万至300万的部分，税率25%，速算扣除数25万，所以应交税138×25%-25=28.5万。申报表要按月或季预缴，年度汇算清缴时多退少补。电子税务局的数据显示前年企业平均申报周期是15个工作日，实际缴纳时间比申报时间晚7-10天。会计分录要分两步走：第一步确认收入和费用，比如借：银行存款500万，贷：主营业务收入500万；借：管理费用50万，贷：银行存款50万。第二步计提所得税，借：所得税费用28.5万，贷：应交税费-应交企业所得税28.5万。实际缴纳时再借：应交税费-应交企业所得税28.5万，贷：银行存款28.5万。这样处理既符合税法规定，又能准确反映企业税负情况。