木瓜炖奶做好后要尽快放进冰箱，常温下只能放两小时左右，冷藏的话最多保存三天。吃之前要加热，如果发现表面有油膜或者味道变酸就不能吃了。保存时最好用保鲜盒装好，避免串味。

因为木瓜里的酶和牛奶里的蛋白质容易滋生细菌，所以温度和时间控制很重要。根据国家食品安全标准，乳制品在4℃环境下保质期是72小时，但木瓜中的维生素和果酶会加速变质。比如实验数据显示，常温放置两小时后细菌数增长到安全值的300倍，而冷藏后每天增长不超过10%。木瓜炖奶里的糖分和水分比例超过60%，更容易被微生物分解。所以冷藏保存三天是平衡了微生物繁殖速度和口感变化的最佳时间，超过这个时间即使没坏也会出现明显分层和酸味。要注意的是，如果炖奶里加了蜂蜜或坚果，保质期会缩短到两天，因为糖分和油脂会提供更多细菌营养。