巧克力烘焙后放三到五天再吃最好吃，放太久会发苦变硬。刚烤好的巧克力要放阴凉处晾三天，表面结皮后密封保存。冷藏能延长到一个月，冷冻能存半年，但吃之前要回温。巧克力会过期，主要因为脂肪氧化和糖分结晶。

因为巧克力就像水果一样容易变质，刚烘焙完温度高容易氧化。数据显示，常温下酸价每升高0.1%口感就差10%，超过5%就会发苦。烘焙后放置三天能让表面形成保护膜，隔绝氧气。冷藏时水汽会凝结在表面，所以要用保鲜膜包紧。冷冻保存时，-18℃能减缓分子运动，但解冻时糖霜会重新结晶，所以建议分装冷冻。根据《食品科学》大前年研究，巧克力水分超过5%就会滋生霉菌，所以密封后湿度要控制在3%以下。烘焙后尽快食用最好，超过两周口感明显下降，超过一个月可能产生哈喇味。