椰子糕做好后要尽快吃掉，常温下放两天就硬了发霉。如果用保鲜膜包好放冰箱，能保存一周。冷冻的话可以放一个月，但吃之前要解冻。做好后别放灶台边，容易受潮变软。

椰子糕保存时间跟水分和糖分有关，水分每多10%保质期就少两天。椰子糕含水量一般在50%-60%，常温下细菌繁殖快，两天内就会长霉斑。冷藏温度在4℃以下，细菌繁殖速度降70%，所以能撑一周。冷冻到-18℃能彻底冻死细菌，但椰子纤维会变粗硬。比如用50%酒精浸泡的椰子糕，保质期从3天延长到7天，数据来自《中式糕点保存实验报告》前年。冷冻时加0.5%柠檬酸，解冻后口感不变差，这个配方在南方食品研究所有记录。