椰子冻做好后要马上放冰箱，温度保持在4℃以下，这样能最大程度抑制细菌生长，一般能保存3到5天。常温环境下只能放1到2天，超过这个时间表面容易发霉或者出现酸味。如果发现椰子冻出现气泡、颜色变深或者有黏腻感，赶紧扔掉别吃了。

椰子冻保存时间跟椰浆和淀粉的配比有关，椰浆含糖量高容易招虫，淀粉能形成保护膜延缓变质。实验数据显示，椰子冻在25℃环境下每过12小时细菌数量就会翻倍，而冷藏时每天最多只增长3倍。比如用市售椰浆配比（椰浆50%、淀粉30%、水20%）制作的椰子冻，常温保存48小时后菌落总数超过10万CFU/g，达到微生物学不安全标准。冷藏保存时，虽然椰浆中的水分活度降低，但淀粉形成的凝胶层能有效阻挡空气进入，所以能延长到72小时。不过要注意，如果搅拌时混入太多空气，保存时间会缩短1到2天。另外天气炎热时，冰箱温度波动超过±2℃也会影响保质期。