椰蓉球做好后要尽快吃掉，冷藏能放一周左右，冷冻能存一个月。刚做好的椰蓉球最好当天吃完，如果放超过三天，表面会发黏，椰蓉容易结块。冷冻的话要装进密封袋，吃之前要微波炉加热十秒再吃。

椰蓉球保存时间跟材料有关，椰蓉本身容易受潮和氧化，糖分高的部分容易滋生细菌。冷藏的话温度在四度左右，能抑制细菌生长，但椰蓉球里的油脂和糖分还是会让微生物缓慢繁殖，所以一周左右就最好。冷冻的话温度降到零下十八度，微生物活动基本停止，但冷冻超过一个月，椰蓉里的油脂会分层，吃的时候口感会变硬。根据《家庭食品保存指南》数据，椰蓉制品冷藏保存期是五到七天，冷冻保存期不超过四十五天。冷冻时如果发现包装袋有水汽，说明椰蓉球已经受潮，不能再吃了。