大蛇丸原本是宇智波一族的叛徒，后来自己组建了"大蛇丸家族"。他离开宇智波家族的时间是第四次忍界大战前，当时他偷学了宇智波血继限界和咒印术。后来他改姓大蛇丸，把实验室建在妙木山附近，自称家族创始人。

大蛇丸的家族身份需要分两部分看。首先他是宇智波一族的叛逃者，在原著第379话明确记载他因研究禁术被族长大蛇丸斑驱逐。但后来他脱离宇智波血脉，在第四次忍界大战期间（第528话）建立新家族。根据岸本齐史在《忍者之路》中提到，大蛇丸的家族属于"非传统忍者组织"，没有明确族谱。他改姓的时间是离开宇智波后，当时他已掌握大蛇丸咒印，并建立以咒印研究为核心的家族。妙木山实验室的位置（第475话）和家族传承时间线（持续到第四次忍界大战结束）都证明他自成体系，而非宇智波分支。