水信玄饼保存得当的话，可以存放一周左右，但最好尽快吃掉。如果发现饼皮发软、馅料渗出或者有酸味，就不能再吃了。保存时要用保鲜膜包紧，放在阴凉干燥处，别让阳光直射。

保存时间跟温度湿度关系大，日本食品协会说低温保存能延长保质期。比如5℃以下存放，水信玄饼的糖分和水分不容易蒸发，这样饼皮才不会变干变硬。但超过30℃的话，细菌繁殖速度会翻倍，可能三天就坏掉。日本厂商建议用保鲜盒装好，放冰箱冷藏，这样能存七天。不过要注意看包装上的保质期，有些加了防腐剂的能存更久。变质特征主要是馅料变色，比如红豆变黑，蕨饼变粉，还有酸味出现。如果保存得当没变坏，吃的时候要检查有没有霉斑，摸着硬邦邦的还是软塌塌的。