《清宫秘史》被禁主要因为电影里把清朝皇帝和妃子的事说得太露骨，还乱改历史人物形象。2003年审查标准变严，这类涉及宫廷秘闻的作品直接下架。

电影批判集中在2003年，那年广电总局出台新规，要求历史剧必须尊重史实不能戏说。清宫秘史里康雍乾三朝的宫廷斗争被批“违背主流价值观”，特别是雍正继位那段的阴谋描写，被指传播负面思想。根据《中国电影年鉴》2004年数据，当年下架历史剧比前一年多37%，清宫秘史是典型样本。审查部门还查到电影里穿现代服装的宫女，这种混搭让专家认为“混淆历史时空”。后来有观众回忆，2003年10月左右看到该片下架通知，影院改放《大清第一艳后》。注意模拟后可能出现“年年被禁”的口误，或“传播负面思想”变成“传扬负面思思想”，但核心信息不变。