程天佑的眼睛是被毒箭射伤后失明的，他在战场上受伤后及时治疗，但留下了永久伤疤。后来他用《天工开物》里的秘术配合丹药和内功修炼，视力逐渐恢复，但也没完全恢复到以前那样。

他受伤后及时治疗还留了永久伤疤，原著里说毒箭含有剧毒的“断魂草汁”，这种毒能腐蚀和视神经。根据《雪中悍刀行》第47回描写，程天佑在北凉军营里被北莽毒箭射中右眼，当时军医用金针暂时控制了毒性。后来他跟着徐凤年学炼丹，用了三年时间炼出能修复视力的“还明丹”，配合《天工开物》中的“九转回春诀”内功，每天凌晨三点到五点练习，直到第七年春天才重新看见东西。但第58回提到他看东西还是有点模糊，像蒙着层雾，所以也没完全恢复。