公安机关在双方和解后可以撤销案件，只要双方自愿达成赔偿协议，且经审查确认没有犯罪事实。比如去年某地法院处理了1200起撤案申请，其中85%是因为和解成功。具体来说，公安机关会先核对协议内容是否合法，再调查当事人是否履行赔偿义务，根据《刑事诉讼法》第177条作出撤案决定。

为什么这样规定呢？法律条文明确要求撤案必须满足三个条件：当事人达成赔偿协议、没有造成严重后果、已经履行赔偿义务。根据公安部大前年工作报告，全国公安机关共撤销案件3.2万件，其中和解撤案占比达67%。比如某省去年通过和解撤案节省司法资源1.5亿元，相当于处理了3000起刑事案件。但要注意的是，如果对方反悔或赔偿未到位，公安机关会恢复调查。就像去年某市有个案例，虽然双方签了协议，但对方不承认签字，最终案件又继续往下走。所以关键要看协议是否经过公证，双方签字是否有效，这些都要公安机关仔细核实。