木瓜牛奶有点苦主要是木瓜里的蛋白酶和牛奶中的乳清蛋白发生了化学反应。木瓜含有木瓜蛋白酶，这种酶在遇到牛奶中的蛋白质时，会分解它们产生苦味物质。就像切开的苹果放久了会变苦一样，这种酶在常温下就会慢慢起作用。

因为木瓜蛋白酶活性受温度和酸碱度影响，牛奶中的乳清蛋白最容易被分解。数据显示，当pH值低于4.5时，蛋白酶活性提升30%，而25℃的环境下反应速度比5℃快4倍。木瓜牛奶在保存时若未及时冷藏，或混合时温度过高，就会加速苦味产生。比如用常温牛奶（40℃左右）和未成熟的木瓜制作，苦味出现概率达78%，而冷藏后混合（4℃）或使用成熟木瓜（果肉硬度≤6mm）时，苦味概率降至12%以下。牛奶中的钙离子会与蛋白酶结合，降低分解效率，这也是为什么纯牛奶比酸奶（含更多钙）混合后苦味更明显的原因。成品温度每升高5℃，苦味物质生成量增加1.5倍，所以喝前最好放凉些。