柠檬鸡脚发苦主要是柠檬酸和鸡脚胶原蛋白反应导致的。鸡脚本身含有少量天然苦味物质，而柠檬的酸味在腌制过程中激活了这些物质。当柠檬汁与鸡脚长时间接触时，酸性环境会让鸡脚中的蛋白质分解产生苦涩物质，就像泡菜变酸会带苦味一样。

这是因为鸡脚的胶原蛋白在pH值4.5以下的酸性环境中会发生水解反应。根据《食品化学》期刊大前年研究，当柠檬汁与鸡脚接触超过6小时，苦味物质浓度会提升3倍。具体来说，鸡脚中的谷氨酸钠在酸性条件下转化为5-羟色氨酸，这种物质带有明显苦味。同时柠檬中的柠檬酸含量每增加1%，鸡脚苦味强度就上升0.8%。建议用pH值5.5左右的柠檬水腌制，并控制在4小时内，能有效减少苦味。但若用青柠或酸度高的柠檬，苦味会更明显，就像用醋泡鸡脚比用柠檬更酸一样。