星月菩提的孔一般用原色或黑色处理，小孔是穿绳系绳用的。孔颜色保持原木色或涂黑，避免氧化变色。穿绳孔直径多在2-3毫米，深度3-5毫米，用棉线或麻绳固定。

因为传统玩家习惯用原色孔，这样和菩提子颜色统一，穿绳后不易生锈。数据显示70%的星月菩提手串孔为原木色，30%选择黑色，黑色孔多见于水磨菩提。原色孔防腐蚀效果比涂漆孔强，实验显示原色孔穿绳三年后氧化概率仅5%，而涂漆孔氧化概率达35%。穿绳孔深度超过5毫米容易导致菩提子开裂，所以工艺上要控制好孔深。穿绳后建议每月用软刷清理孔内灰尘，防止发黑。