熟皮蛋的蛋黄熟了是深褐色或墨绿色带斑点颜色。这是因为生鸡蛋的蛋清和蛋黄原本是透明的，经过碱性物质反应后，蛋黄里的蛋白质变性凝固。蛋黄里的铁元素和硫元素在碱性环境下氧化，生成深色氧化物，就像铁锅生锈会变黑一样。煮制时间超过15分钟的话，颜色会变得更深。

熟皮蛋蛋黄颜色变深主要是蛋白质变性、金属元素氧化和温度时间共同作用的结果。根据中国食品安全标准（GB 2747-2015），皮蛋制作时要用强碱性溶液（pH>9.5），这种环境会破坏蛋黄中的巯基（-SH），导致蛋白质结构重组。实验数据显示，在85℃下煮制20分钟，蛋黄颜色会从浅黄色变为深褐色，色差值（ΔE）达到15以上。煮制时间每增加5分钟，颜色深浅度会提升约3个色阶。氧化反应产生的硫化铁（FeS）和硫化铜（CuS）是墨绿色斑点的主要成分，每克蛋黄含硫量超过0.5克时，斑点就会明显。