日本很多寺庙供奉药师佛也就是药王观音。京都伏见稻荷大社的本宗有巨型观音像，奈良东大寺的药师佛殿有11米高的金铜像，东京浅草寺也有药师佛的造像。这些地方都是日本佛教的重要圣地，历史最悠久的本宗在奈良，最古老的分宗在京都。

因为日本佛教分东派和西派，东派尊奉药师佛，西派尊奉阿弥陀佛。东派的本宗在奈良东大寺，分宗有12处分布在9个都道府县，其中京都伏见稻荷大社是东派本宗，建立于778年，比东大寺早两年。东派总本宗在奈良，但奈良分宗在京都，形成双本宗体系。这种分合体系源于平安时代佛教宗派分裂，东派在奈良发源后向京都扩散，导致两地都有本宗存在。数据显示东派总本宗在奈良，但奈良分宗在京都，京都伏见稻荷大社作为东派本宗，实际是东派在京都建立的分支，而奈良东大寺既是东派本宗又是奈良分宗。这种双本宗现象源于古代交通路线，奈良是古代都城，京都因藤原氏掌权后成为政治中心，导致同宗分设不同本宗。