黄花梨变黑是因为氧化反应和木质素积累。木头在加工或存放时，铁元素和空气中的氧气结合，生成氧化铁，颜色就变深了。还有，木质素这种天然物质会慢慢沉淀在纹理里，时间久了颜色越来越深。

因为氧化反应和木质素积累，颜色变化分三个阶段。刚加工完的木头是淡黄色，存放半年后氧化铁开始形成，颜色变成深褐色。木质素含量每增加5%，颜色就加深一个色阶，研究显示存放三年后木质素含量能达到18%以上。比如海南黄花梨，氧化反应主要发生在树皮和边材处，这里铁元素含量比芯材高3倍。存放时温度每升高10℃，氧化速度就加快1.5倍，所以南方存放的木头比北方快变黑。加工时若未去除树皮，氧化面积比完整木材大4倍，颜色变化更快更明显。