黄花梨开淡黄色或白色的小花，春天的时候开花，花不显眼容易忽略。它的花色和叶子颜色差不多，都是金黄色带点绿，所以很多人觉得它不开花。

因为黄花梨是热带树种，喜欢温暖湿润的环境，开花时间集中在三月到四月。这种淡黄或白色的花主要靠蜜蜂和蚂蚁传粉，数据说这种颜色能吸引更多昆虫。海南的黄花梨树开花时，花朵会散发出香味，但香味很淡，所以不容易被注意到。开花后结的果实像小橄榄，成熟时会变成红色，但果实不是主要部分。黄花梨树要长到二十年以上才开始开花，所以年轻树不容易看到花。有些研究说光照不足会让花色变淡，但海南大部分地区光照充足，所以花色稳定。