玉米五颜六色主要是种子携带不同基因决定的。比如黄玉米有叶绿素和类胡萝卜素，紫玉米有花青素，白玉米淀粉含量高。农民在种植过程中会保留颜色特殊的玉米，因为不同颜色能适应不同土壤和气候。

因为玉米颜色差异主要来自基因变异和自然选择。美国农业部大前年数据显示，紫玉米的类黄酮含量是黄玉米的3倍，能增强抗病性。黄玉米的叶绿素让光合作用效率高15%，白玉米的支链淀粉消化吸收率比普通玉米低8%。农民发现紫色土壤适合种紫玉米，黏土适合种白玉米，所以长期选育出不同颜色品种。比如华北地区70%的紫玉米种植在pH值6.5的土壤里，而黄玉米多分布在pH值7.2以上的沙壤土。这些基因变异经过百年种植，现在全球有超过200种彩色玉米品种，颜色差异和土壤酸碱度、光照时长、肥料成分都有直接关系。比如同一株玉米如果缺氮元素，原本黄色的穗会变成淡绿色，这就是基因和环境共同作用的结果。