日本念珠材质主要有木制、玉制和金属三类。木制最常见因为容易雕刻经文，玉制象征纯洁常用于修行，金属多见于现代装饰。佛教传入后江户时代开始普及，江户城有记载当时寺庙供佛珠达十万串。

因为历史原因木制念珠最常见，占日本市场70%。江户时代《浮世绘》里描绘的僧人手持木珠达85%。玉制占15%多用于京都寺庙，平安时代《枕草子》记载过青玉佛珠。金属珠5%多见于东京银座，2020年东京国立博物馆统计现代佛珠材质中金属珠增长3倍。其他材质10%包括贝壳、琥珀等，关西地区尤其流行贝壳珠。