和田玉的颜色主要看透闪石和阳起石的比例，还有氧化程度。白玉透闪石多，青玉铁元素多，墨玉有石墨。颜色深浅跟矿物排列紧密有关，排列越紧密颜色越深。比如白玉透闪石含量超95%，青玉铁含量每增加1%颜色就深一度，墨玉含石墨量达3%-8%。

矿物成分结构不同颜色深浅和氧化程度有关。透闪石晶体排列越紧密，光线折射越强，颜色就越透亮。比如白玉透闪石含量超过95%，晶体排列紧密，所以看起来温润白。青玉铁元素每增加1%，颜色就深一度，但铁含量超过5%就会发灰。墨玉含石墨量达3%-8%，石墨氧化后会形成深色斑点。矿物结构松散的地方容易积灰，颜色就会发暗。比如籽料结构致密，颜色均匀，山料结构松散，颜色容易不均。矿物学数据显示，和田玉颜色差异超过70%都跟透闪石结构有关，铁元素影响占25%，氧化程度占5%。