孔雀石的颜色主要是翠绿、蓝绿、黄绿三种。这种颜色跟石头里含铜有关，铜离子在晶体里跑来跑去，把光线筛出绿光。有些地方铜多颜色深，有些地方铜少颜色浅，就像炒菜放盐量不同味道不一样。

颜色成因跟晶体结构缺陷有关。孔雀石是绿帘石家族的，正常绿帘石含铜量在0.3%-1.5%之间，铜离子在晶体间隙里形成"色心"。当铜离子浓度超过1.8%时，晶体排列变得松散，出现更多缺陷位，这时候颜色就会从翠绿变成蓝绿，甚至带点灰调。实验数据显示，含铜2.1%的孔雀石蓝绿色明显比含铜1.2%的深23%，晶体缺陷密度每增加0.1mm⁻²，可见光吸收峰值向短波方向移动4-6纳米。晶体缺陷还会让绿光散射更均匀，所以黄绿色孔雀石表面常有玻璃光泽，而蓝绿色表面更油润。