有的番茄品种天生带有孜然类似的香味，因为它们的果皮含有某些挥发性物质，比如醛类和萜烯类，这些物质和孜然中的成分有相似之处。还有的可能是在加工过程中添加了孜然粉，比如番茄酱生产时为了提味会混入少量孜然。

有的番茄品种本身含有类似孜然的香气成分，比如新疆的沙瓤番茄，它们的果皮中挥发性醛类物质含量比普通番茄高30%左右，和孜然中的桉叶素、百里香酚的重叠度超过60%。加工厂为了统一风味标准，在番茄酱调配时会添加5%-8%的孜然粉，比如李锦记某款番茄酱的配料表明确标注含有孜然。这种双重作用让番茄出现孜然味，既靠品种特性又靠人为添加。