看年份写法，99版是数字加版，99年五十元是汉字加年。99版水印是毛泽东头像，光变油墨在右上角，99年五十元水印是花卉图案，没有光变油墨。流通时间上，99版从1999年发行到2005年换版，99年五十元实际是1999年发行的旧版，现在存世量少，价格高。

因为99版和99年五十元是不同版本，它们的防伪特征和发行时间完全不同。根据央行数据，1999年发行的五十元有三种写法：数字版（99版）、汉字版（99年五十元）和旧版（1995年发行）。其中99版采用全息磁性开窗安全线，1999年五十元只有普通安全线。比如看水印，99版是毛泽东头像水印，而99年五十元是花卉水印，这个差异在2005年第五套人民币换版时被彻底取消。光变油墨技术是2005年才加入的，所以99年五十元不可能有这种防伪功能。现在收藏市场里，99版流通量大，价格在200-300元，而99年五十元因为存世量少，价格能到800-1000元。但要注意，有些会模仿这两种特征，辨别时要仔细看安全线和油墨颜色。