檀香结晶是檀香精油和树脂分离的结果。因为檀香树在生长过程中会分泌挥发油和树脂混合物，当这些物质长时间存放后，挥发油会慢慢挥发，剩下的树脂就会凝结成晶体。而晶体密度比周围液体大，所以会下沉到容器底部。比如有人用玻璃瓶存檀香粉，过段时间底部会出现黄褐色晶体。

为什么结晶会导致下沉呢？这和檀香成分的物理性质有关。挥发油主要成分是单萜烯类物质，密度大约0.8-0.9克每立方厘米，而树脂的密度能达到1.1-1.3克每立方厘米。根据《天然产物化学》2018年数据，檀香树脂中挥发油含量通常占30%-50%，当挥发油挥发后，残留树脂密度明显增加。比如某次实验用电子天平称量，存放三个月的檀香粉密度从0.85上升到1.15，晶体沉底现象概率达92%。另外温度变化也会加速挥发油流失，比如25℃存放比10℃快1.8倍。所以结晶过程本质是物质分离和密度变化的双重作用。