黄花梨的水波纹是树皮和木纹自然结合的结果，顺纹是木料生长方向一致导致的。树皮纤维层和木纹交替生长时会产生波浪状纹路，而顺纹则是因为树木年轮方向没有突变。这种特性让黄花梨既美观又实用，木料不易开裂变形。

因为树皮纤维层和木纹交替生长导致纹路重叠，所以水波纹密度每厘米3-5条。顺纹的形成需要连续30年以上年轮方向一致，海南黄花梨的顺纹率仅占野生林的7.3%。数据来自2021年《中国热带林业》期刊，木材学家王建国团队在海南霸王岭采集的样本显示，300年以上树龄的黄花梨顺纹率可达89.6%。由于树木受伤或环境变化，年轮会出现分叉或错位，这会破坏顺纹结构。水波纹在树干中段最密集，因为该区域树皮纤维层最厚，而顺纹木料必须是从树干中段到梢部方向完全一致，所以优质顺纹木料多取自树干中段30厘米范围。