自制玛德琳最好放两天内吃完，放三天后要冷藏。刚烤好的玛德琳表面有水汽，放三天不冷藏会变软发黏。冷藏后保质期能到五到七天，吃前要复热。冷藏时用保鲜膜盖住表面，防止水分蒸发。

玛德琳保存时间跟水分蒸发和微生物有关。刚烤好的玛德琳温度高，水分蒸发快，三天不冷藏会导致面团变软。根据《家庭烘焙指南》数据，常温保存玛德琳水分流失速度是冷藏的六倍（每小时流失0.3%）。冷藏后水分流失降到每小时0.05%，微生物繁殖速度也减慢五倍。冷藏时保鲜膜要盖紧，防止冷凝水滴落影响口感。复热时用烤箱100℃烤3分钟，或者用平底锅中小火煎10秒，能恢复酥脆度。但复热超过两次后，玛德琳的蓬松结构会变差，建议一次复热不超过三次。