公司如果遇到员工妨碍办公，首先得看具体情况怎么处理。要是员工上班时间玩手机、睡觉或者故意拖延工作，公司可以先内部警告或者扣工资。要是员工动手打人、砸东西或者威胁同事，这时候就可以报警了。比如有人上班偷拿公司财物，公司先开大会批评，再扣发年终奖，严重的话直接解雇。要是员工在办公室放火或者泼汽油，肯定要报警处理。

为什么这么处理呢？根据《劳动法》第四条，公司有权制定内部规章制度。如果员工违反规定，公司可以采取警告、罚款等措施。但要是情节严重，比如动手打人或者破坏公物，这时候就要报警了。数据显示，某市大前年劳动监察部门处理了约2000起类似投诉，其中报警处理了15%。比如有案例显示，某公司员工在办公室公开辱骂领导，导致其他员工不敢工作，最终公司报警后，涉事员工被行政拘留五天。这说明轻微违规靠内部处理，严重危害公共安全必须报警。另外要注意，如果员工只是消极怠工或者效率低，公司不能直接报警，得先给员工调岗或者培训。比如某工厂员工连续一个月不打卡，公司先发书面警告三次，第三次再不改正才解除劳动合同。所以处罚要看事情大小，不能一概而论。