自酿葡萄酒变混浊主要有两方面的原因。一种是原料问题，比如葡萄本身有霉斑或者储存不当导致微生物污染。另一种是发酵过程中操作不当，比如温度控制不好或者酵母菌过度繁殖。混浊的酒液可能含有悬浮的果肉渣、死酵母或者微生物代谢产物，如果肉眼能看到颗粒物，通常说明没过滤干净。

因为葡萄本身带菌或者储存环境不干净，就会让杂菌提前发酵。比如霉斑葡萄里的黑曲霉会产生，这种毒素遇水会分解成悬浮物。发酵时温度超过28度，酵母菌繁殖速度会加快3倍以上，它们死亡后的尸体堆积起来就像打鸡蛋时蛋白凝固那样形成沉淀。数据显示85%的案例中，混浊葡萄酒都检测出超过5000个/毫升的酵母菌残留，这种浓度超过食品安全标准3倍。如果只是果肉渣没过滤干净，用纱布反复过滤三次就能解决。但要是检测出有害菌，必须整瓶倒掉重酿，因为高温灭菌无法破坏毒素结构。