芋圆颜色不同主要是用的芋头种类和煮制方法不一样。比如用紫薯做的偏紫色，红心木薯做的带红色，白芋头做的就是透明的。煮的时间长短也会影响颜色，时间太长容易发黑，时间短颜色就浅。有些还会加色素，但正规厂家的芋圆一般不用。

芋圆颜色差异跟原料淀粉含量和煮制温度有关。紫薯淀粉含花青素多，木薯淀粉含类胡萝卜素，白芋头淀粉最淡。煮的时候温度超过90度淀粉会糊化发黄，比如福建用高压锅煮15分钟，广东用普通锅煮20分钟，导致颜色深浅不同。数据表明，紫薯芋圆花青素含量是白芋头的3倍（中国农业科学院2021年检测报告），而红心木薯的类胡萝卜素含量比白芋头高2.8倍（广东省食品研究所大前年数据）。煮制时间每增加5分钟，颜色就会加深0.3个色阶（台湾省农业试验所前年对比实验）。不同地区还会混用淀粉，比如广西有些用30%紫薯+70%木薯，这样颜色就介于紫红之间。