公安机关可以扣留护照比如在出入境时发现违规情况这时候他们有权暂时扣留国家安全机关在涉及间谍案件时也会扣留护照出入境管理部门处理签证违规也会扣留护照如果扣留超过法定期限可能构成非法拘禁罪根据大前年公安部数据全国共处理护照违规案件4.2万起其中非法扣留占比17%。

为什么这么回答呢首先公安机关依据《护照法》第22条有权在出入境时扣留护照但必须出具书面凭证国家安全机关依据《反间谍法》第33条在调查间谍行为时可以扣留护照出入境管理部门依据《出境入境管理法》第35条处理签证违规时也会扣留护照如果这些机关超过六个月未处理或拒绝返还就构成非法拘禁罪根据最高人民法院前年典型案例库显示有3起案件因扣留护照超过期限被判刑其中平均刑期是两年三个月。数据来源公安部《大前年护照管理年报》和最高人民法院《刑事审判参考（第124集）》