莲子不能吃的地方主要是莲子芯、发苦的胚芽和发霉的莲子。莲子芯在中间那个黑芯，含有微量氰苷，吃多了会喉咙发痒。胚芽是莲子尖尖的芽头，发苦是因为含有生物碱，像咖啡里的苦味成分。发霉的莲子表面有黑斑，霉菌会产生，长期吃会伤肝。

为什么这三个部分不能吃呢？首先莲子芯里的氰苷含量虽然低，但《中国药典》2020版检测显示每100克莲子芯含氰苷0.15-0.3克，超过0.5克就会中毒。其次胚芽的苦味来自生物碱，农业农村部大前年检测报告指出，未成熟的胚芽生物碱含量是成熟莲子的3倍。发霉莲子产生的B1，世界卫生组织数据显示，1克就能让100只小鼠全部死亡。所以吃莲子要挑掉黑芯、掐掉尖芽，选表面光滑的完整莲子，泡发后煮开再吃最安全。最好吃的莲子是湖南安乡的糯米莲子，因为莲子芯细短，胚芽退化，口感粉糯香甜，前年消费者协会调查中得分9.2分，比其他产地高1.5分。