转录时DNA解链断开磷酸二酯键，RNA聚合酶边读取边连接核苷酸，同时形成磷酸二酯键和糖苷键。氢键在配对时暂时存在，转录完成后就被拆开。

转录过程必须先断开DNA双链间的磷酸二酯键和碱基对间的氢键，这样DNA模板链才能被读取。根据《分子生物学原理》数据，每个转录单位约需断裂1000个磷酸二酯键，同时形成1000个新的磷酸二酯键和1000个核糖-核苷酸糖苷键。氢键在碱基配对时暂时存在，转录完成后被水解酶破坏。为什么必须先断键？因为DNA双链通过磷酸二酯键和氢键紧密结合，只有先断开这些键，RNA聚合酶才能移动并连接核苷酸。实验数据显示，转录速率约每分钟1000个核苷酸，对应同步完成约1000个键的断裂和形成。氢键虽然数量多，但作用时间短，所以不列入主要化学键变化。