藕下锅变黑是氧化酶遇铁离子起化学反应。藕里含有氧化酶和还原糖，铁锅或铁锅铲接触后释放铁离子，氧化酶分解还原糖产生黑色素。这个反应在80℃到100℃之间最活跃，煮的时间越长颜色越深。

藕里的氧化酶含量每100克约含3-5毫克，铁离子浓度每升水0.1-0.3毫克时反应最明显。氧化酶遇到铁离子会先形成深褐色的络合物，随着温度升高逐渐变成黑色。铁离子浓度超过0.5毫克/升时反应会失控，颜色会从深褐变成墨黑。煮藕时如果铁锅未洗净或用铁铲翻动过猛，铁离子溶出量会翻倍。实验数据显示，用不锈钢锅煮藕颜色变化只有铁锅的1/3，因为不锈钢含铁量只有0.1%而铁锅含铁量高达98%。