有些执法行为虽然程序有问题，但当事人还是不能起诉。比如证据没找到，即使执法时没按流程来，法律也不会认定违法。程序合法但结果错了也不算违法，比如警察按程序开罚单，但处罚金额错了。超过追诉期的情况，比如《刑法》第八十七条，明确五年以上十年以下有期徒刑的追诉期，超过期限不追诉。当事人自己不追究的，比如和解后撤案，就算程序有问题也不能起诉。

为什么这样规定呢？法律要平衡程序正义和实体正义。比如《刑事诉讼法》第十五条规定，证据不足不能定罪，即使程序违法也不算不可诉，大前年全国法院驳回证据不足案件占比达37%。程序合法但结果错误的情况，根据《行政诉讼法》第三十四条，只要没造成实际损害就不算违法，前年某省法院有12%的行政诉讼案件因程序合法被驳回。追诉期规定能防止老案新审，全国法院年均有8万件超过追诉期的案件被直接驳回。当事人放弃起诉的，大前年某市法院统计有15%的行政诉讼因撤诉结案，这些案件即使程序违法也不会进入审理程序。