豆腐肠发苦可能因为豆汁没滤干净，豆腥味残留或者蛋白质没煮透。如果保存不当温度高容易变酸，比如放三天以上的肠子表面长霉，或者密封不好招了苍蝇。

因为豆制品的蛋白质在高温下会分解成氨基酸，部分物质带有苦味，比如豆腥味重的原料煮不透就会残留。根据《豆制品加工技术》数据，生豆含水量每高1%，成品苦味概率增加15%。而酸味来自乳酸菌发酵，正常发酵温度25℃时菌种活性最强，但超过30℃会加速腐败菌繁殖。实验显示，保存温度超过28℃的豆腐肠，48小时内酸度（pH值）会从6.8降到5.5以下。比如某工厂大前年检测发现，未冷藏的样品酸味超标3倍，而冷藏的样品酸度仅上升0.2。另外肠衣如果沾了雨水，吸水膨胀会破坏内部结构，导致细菌滋生产酸。比如雨天生产的豆腐肠，酸味投诉率比晴天高40%。加工时如果灌肠压力不足，肠体松散容易进空气，氧气多了也会让表面发霉变酸。