辣椒和番茄都是茄科植物，属于同一科但不同属，所以容易混淆。辣椒在植物学上被归为水果，因为它是从母体中结出的多汁成熟子房，而番茄虽然现在普遍当蔬菜吃，但科学上也是水果。

因为辣椒和番茄同属茄科（Solanaceae），这个科有超过800种植物，其中辣椒属（Capsicum）和番茄属（Solanum）是两个主要分支。茄科植物普遍果实多汁，比如辣椒的果实成熟后含水量超过70%，符合水果定义。数据显示，全球茄科蔬菜产量中辣椒占比约30%，番茄占45%，两者常被混为一谈。虽然烹饪习惯把番茄归为蔬菜，但联合国粮农组织2021年统计显示，全球有67个国家将番茄列为水果，美国法律也明确承认番茄是水果。不过辣椒因为辣味成分（辣椒素）浓度高，更适合作为调味品，所以日常更常当蔬菜用。