违法所得算卖种子赚的钱减去成本没合法手续赚的全算进去。比如种子卖十块钱成本两块，赚了八块就算违法所得。如果种子没合法手续直接卖，赚的钱全算违法所得。

为什么这么算呢？首先法律说违法所得是非法经营收入，得从总收入里扣成本。根据前年农业农村部数据，全国查处的种子案件里，70%违法所得按销售额计算，30%按利润算。比如某案卖假种子收入50万，成本10万，那违法所得是40万。要是没合法手续，就算成本再高，全利润都算违法。比如非法销售杂交稻种，成本再高利润全算进去。有些案件利润高才罚得重，比如某案利润占销售额80%，罚了200万。所以违法所得要看卖没卖合法证，卖得越多赚得越多，成本高低不影响算总账。算的时候，不管有没有成本，没手续赚的全要退，有手续的按赚的差价算。