农垦总局归国务院国资委直接管理，是正厅级单位。旗下有黑龙江、广东等13个垦区，直接管理几十万职工和土地。比如黑龙江农垦集团每年贡献税收超过百亿，土地面积占全省四分之一。

因为国务院2018年专门发文明确，把原农垦总局的资产和人事划归国资委监管。数据显示国资委下属有39家央企，农垦总局是唯一以垦区命名的正厅级单位。比如2019年审计报告显示，13个垦区总资产超过3万亿，职工约120万，土地面积5.5亿亩。所以现在农垦总局既管垦区运营，又由国资委管人事财务，属于双重领导但以国资委为主。比如广东农垦的糖业和旅游项目，资金都需经国资委审批。