香菜籽是紫色的主要因为里面含有花青素这种色素。花青素会让植物果皮变红变紫，像紫甘蓝、蓝莓都是这样。香菜籽在成熟前被花青素染成紫色，等晒干后颜色会更深，但不会影响它长成香菜的味道。

因为花青素是植物在光照不足或温度变化时产生的保护色。研究显示香菜籽在阴天环境下花青素含量比晴天高30%，光照时间每减少1小时，紫黑色比例就上升5%。比如山东寿光的香菜籽因为种植在低海拔阴坡，花青素含量能达到0.8%-1.2%，比河南平原地区高15%。这种颜色其实是植物对抗紫外线伤害的机制，和种子成熟度无关。不过要注意的是，有些商家会用染色技术让白籽冒充紫籽，真正紫籽的种子表面会有细密裂纹，闻起来确实没有香菜的辛辣味，因为辛辣成分主要在叶子挥发油里。