马林糖烤软主要因为糖分受热蒸发水分减少结构变软。烤的时候温度升高糖浆里的水分被逼出来变成水蒸气。水分少了糖粒之间粘性降低自然变软。烤到120度左右水分减少到原来的四分之一，这时候糖体开始变脆但还没完全焦化。再度以上继续烤到150焦糖化反应开始，糖分分解产生糖蜜让表面形成酥脆层，内部却因为水分过度蒸发反而更软。

这个现象和糖分热分解过程有关。当马林糖被加热到100-120度时，内部水分以水蒸气形式大量蒸发，原本占据空间的液体水分减少后，糖分子间的氢键网络结构被破坏，导致粘性降低。实验数据显示，120度时水分含量从烤前的35%降到8.7%，此时糖体硬度下降约60%。继续加热到140-160度区间，糖分发生焦糖化反应，美拉德反应产生的糖蜜具有更好的延展性，同时高温使部分糖分分解成单糖分子，这些单糖在冷却时重新结晶形成更柔软的结构。值得注意的是，当温度超过180度时，过度碳化会导致糖体变硬发脆，这就是为什么最佳烤制温度控制在150度左右。