南红荔枝冻的颜色主要有红、橙、黄三种，像剥开荔枝壳那瞬间看到果肉的颜色差不多。有的偏深红带点紫，有的像蜜糖黄带点亮橙，最常见的是橙红色调，像刚煮熟的虾子。颜色深浅跟荔枝核和果肉比例有关，核多肉少颜色就深，反之颜色就浅。

颜色成因是荔枝核和果肉在晾晒过程中发生化学反应。荔枝核里的果胶和果糖在高温下氧化，时间越长颜色越深。比如广东清远产的红荔枝冻，核肉比例4:6的话颜色偏暗红；广西玉林产的红荔枝冻，核肉比例3:7的话颜色偏亮橙。数据表明，当核肉比例超过5:5时，氧化反应产生的花青素会减少30%，导致颜色变浅。晾晒时如果湿度超过70%，颜色会发黄，像广西部分产区因为雨水多，成品里黄肉占40%以上。果肉厚度小于0.5厘米的荔枝冻，颜色容易不均匀，出现红黄杂色。